Современная структура Гайского месторождения определяется надвигом, по которому рудовмещающая андезидацит-риодацит-дацитовая вулканическая постройка сорвана с базальтового основания и перемещена с В на З. В висячем крыле надвиг сопровождается серией взбросов, расчленивших рудоносные породы на блоки. Формирование структуры месторождения происходило в 3 этапа: I и II этапы сопровождались рудообразованием, III этап − преобразованием рудных тел. Зональность в распределении Cu, Zn, Au и Ag в рудах рассмотрена авторами по серии разрезов, пересекающих всё рудное поле, построенных по данным опробования сотрудниками Гайского ГОКа. Установлена зональность нескольких типов. На I этапе рудообразования: 1) вертикальная по мощности, заключающаяся в смене снизу вверх пиритовых руд − халькопирит-пиритовыми и халькопирит-сфалерит-пиритовыми, одноактная и ритмичная (стратиформная); 2) латеральная, заключающаяся в смене указанных типов руд к флангам рудных тел; 3) латеральная с обратным порядком смены типов руд, характерная для рудоподводящих каналов. На II этапе: 4) обогащение крутопадающих рудных тел по восстанию цветными и благородными металлами. На III этапе преобразования месторождения: 5) формирование оторочек борнитовой ассоциации. Эмпирические данные и построение сплайн-моделей позволили установить бимодальное распределение Au в рудах, выраженное в концентрации его в ранних - пиритовой и пирит-халькопиритовой ассоциациях и наиболее поздних − полиметаллической и борнитовой ассоциациях. Содержания Ag последовательно возрастали от ранних к поздним стадиям рудообразования.